Depuis sa création, la COOPEC TOGO PORT dispose de différents organes qui sont :

1. L’Assemblée Générale qui est  l’organe suprême. Elle est convoquée une fois par an pour examiner et approuver les différents rapports et élire les membres des différents organes en fin de de mandat.
2. Le Conseil d’Administration : sa mission est la mise en application des décisions et recommandations de l’Assemblée Générale.
3. Le Comité de Crédit est compose de cinq(05) membres. Il est chargé d’étudier les demandes de crédit conformément aux procédures définies par la politique de crédit et dans le respect des normes coopératives.
4. Le Conseil de Surveillance est compose de trois(03) membres. Il est chargé de veiller à la régularité des textes, des opérations à la COOPEC TOGO PORT et de contrôler sa gestion.
5. Le Gérant a pour mission la gestion quotidienne de la COOPEC TOGO PORT, la rédaction de budget et des rapports annuels d’activités. Il veille à l’exécution des décisions des différents organes.
6. L’Auditeur Externe procède à la vérification des opérations et présente son rapport.